水稻等粮食作物种质资源的创新和应用技术研究 

[1]水稻优质、高产、抗逆功能基因的克隆 
[2]水稻育种新技术的研究
[3]功能性营养稻米种质的创制

重要果蔬抗逆基因筛选与采收技术研发 

[1]绿叶菜及瓜果类抗逆基因的筛选、育种技术的研究 
[2]绿叶菜及瓜果类病虫害的生物防治技术
[3]适合绿叶菜类采收机械的研制

特殊经济植物种质资源的保护与开发利用 

[1]农作物近缘野生种的保护和利用
[2]野生蔬菜资源的搜集保存及开发利用
[3]名优特稀经济植物的保育（观赏、药用植物等）

食用植物种质资源质量检测与安全评估 

[1]植物种质资源的生物学检测
[2]农产品质量检测与安全评估
[3]食品有害物质的常规检测（重金属、农药残留等）
[4]有害真菌及其毒素检测方法、安全评估标准制定等
[5]有害物质在植物体内的运转和积累

植物种质资源管理与发展战略研究

[1]植物种质资源的数据库与网络平台建设
[2]植物种质资源保护与上海地方产业发展战略研究
[3]植物种质资源保护法规与政策研究
[4]植物种质资源库和研发平台的管理制度建设